При запуске JAR файла приложение падает с ошибкой, в самой среде работает нормально. Используются русские слова в грамматике и русский словарь, как я понял ошибка в кодировке, но как я ее не менял ничего не изменялось, вроде все файлы в кодировке UTF-8. 

ошибка : TockenMgrError

С английской версией с jar проблем нету. Удалось решить проблему через команду в bat файле 

 java -Dfile.encoding=UTF-8 -jar program.jar, таким способом русская версия запускается но он не устраивает, как можно решить эту проблему ? подскажите пожалуйста, понимаю что ошибка в gram файле, он мне прямо указывает на русские символы но как я не менял кодировку безуспешно.

Как написано тут:

http://stackoverflow.com/questions/4159551/how-to-force-a-jar-to-usesor-the-jvm-runs-in-utf-8-instead-of-the-systems-def

Можно изменить исходный код sphinx4, чтобы задать UTF-8 при открытии файлов.

а где именно в sphinx4 ?

тяжеловато будет найти в их исходниках место где нужно будет поменять кодировку )